ฟาร์มาโคยีโนมิกส์ (อังกฤษ:Pharmacogenomics) คือสาขาหนึ่งของวิชาเภสัชภัณฑ์ที่เกี่ยวข้องกับอิทธิพลของความแตกต่างทางพันธุกรรมซึ่งมีผลต่อการตอบสนองของยาในคนไข้ โดยความสัมพันธ์การแสดงออกของยีน (gene expression) หรือ ซิงเกิล-นูคลิโอไทด์ พอลิมอร์ฟิซึม (single-nucleotide polymorphism) กับผลของยาหรือพิษของยา จากความรู้ทางฟาร์มาโคยีโนมิกส์เช่นนี้เราคาดหวังกันว่าจะสามารถพัฒนาการใช้ยาให้มีประสิทธิภาพสูงสุดโดยให้ยาที่เหมาะกับรูปแบบยีน (genotype) ของคนไข้เพื่อให้ได้ผลของยา (efficacy) สูงสุด และผลข้างเคียง (adverse effect) ของยาน้อยที่สุด ซึ่งจะเป็นการเปิดศักราชใหม่ของ การจ่ายยาเฉพาะบุคคล (personalised medicine) ฟาร์มาโคยีโนมิกส์คือการใช้ข้อมูลจีโนม (genome) ทั้งหมดในฟาร์มาโคยีนิติกส์(pharmacogenetics) เพื่อตรวจสอบยีนหนึ่งเดียวที่มีผลต่อยา